Vor allem die ersten Mitglieder der AG See waren 1998 maßgeblich an der Gründung des Vereins pro Mellensee beteiligt, denn die seit den 90iger Jahren zunehmende Algenblüte und der unabhängig von der Sommerhitze stark schwankende Wasserspiegel des Sees bereiteten den Anwohnern Sorgen. Im Dialog mit dem Wasser- und Bodenverband Dahme-Notte (WBV) sowie dem Landesamt für Umwelt (LfU), bzw. der Unteren Naturschutzbehörde des Landkreises Teltow-Fläming wurde vieles auf den Weg gebracht.
So konnte seit 2008 vom Wasser- und Bodenverband, bis auf die Zeit der sehr heißen Sommer 2018 und 2019, ein extremer Wasserverlust mit einer konsequenten Pegelregulierung verhindert werden. Allerdings ergibt sich durch den seit 2018 stark gesunkenen Grundwasserspiegel als neues Problem, dass insbesondere der Zufluss über den Schneidegraben trockenfällt. Den Zuflüssen des Mellensees muss in Zukunft also noch mehr Aufmerksamkeit gewidmet werden.
Seit 2005 werden uns, nachdem anfänglich die Mitglieder der AG See selbst Proben aus dem See und seinen Zuflüssen analysiert haben, inzwischen die jährlichen Messergebnisse des Landesamtes zur Verfügung gestellt. Mit diesen Daten stehen dem Verein zertifizierte Untersuchungen zur Verfügung, die die Argumentationskette für das Projekt Mühlenfließrenaturierung stützen.
Siehe auch Projekte der AG See
Von 2007 – 2014 wurde auf Initiative der AG See  (Prof. Dr. Jochen Oehler) gemeinsam mit dem Bürgermeister der Gemeinde am Mellensee über eine Vielzahl von Veranstaltungen, Dialogen, Schriftwechseln und Unterschriftensammlungen, auch in Zusammenarbeit mit dem BUND, der einen Petitionsantrag für den Bundestagsausschuss organisierte, erreicht, dass der Mellensee nicht privatisiert sondern entgeltfrei der Gemeinde übergeben wurde. Nicht zuletzt deshalb setzen sich die Mitglieder der AG See und  der Verein Pro Mellensee für den See und seine naturnahe Umwelt ein.
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Am Mittwoch, 02.09.2020 18 Uhr fand im Vereinshaus am Nordostufer des Mellensees eine Informationsveranstaltung statt, auf der der Geschäftsführer des Wasser- und Bodenverbandes Dahme-Notte, Torsten Woitke, über das Einzugsgebiet des Mellensees und Dr. Monika Jähkel von der AG See des Vereins zur topographischen und ökologischen Situation des Mellensees berichteten.
Herr Woitke erläuterte ausführlich die Problematik der Unterhaltung und Pflege des großen Kanalnetzes im Einzugsgebiet. Der Mellensee ist Teil der Seenkette, die im Zechsee beginnt und  über den Gr. sowie Kl. Wünsdorfer See im Mellensee endet und in den Nottekanal führt. Das umfangreiche den Wasserstand regulierende  Kanalnetzt ist mit diesen Seen aber auch mit dem Neuendorfer bzw. dem Sperenberger und mehreren kleinen Seen in der Gemeinde Am Mellensee verbunden. Insbesondere der Neue Graben, der Wünsdorfer Kanal und der Schneidegraben speisen den Mellensee. Vor allem die große Trockenheit der letzten Jahre führt mit der Absenkung des Grundwassers und der  vermehrten Verdunstung zu großen Problemen. Mit Baumaßnahmen versucht der Wasser- und Bodenverband die natürlichen Verbindungen zu unterstützen und das Wasser in der Fläche zu halten.
Im Vortrag zum ökologischen Zustand des Mellensees, der auf den Daten  des Landesamtes für Umwelt zum Jahr 2019 basierte, wurde deutlich, dass vor allem die Hitzeperioden für die hohe Belastung des Sees verantwortlich sind. Denn die langanhaltende Wärme und Sonnenintensität begünstigen die Vegetationszunahme einschließlich Algenwachstum  und anschließende  Abbauprozesse, die dazu führen, dass  in den tieferen  Wasserschichten der Sauerstoff  verbraucht  und aufgezehrt wird.  Unter anoxischen  (sauerstoffreichen) Bedingungen wird Fe3+ zu Fe2+,  was bedingt,  dass im Sediment gebundenes Phosphat frei wird, wie die sehr hohen Messwerte über Grund in den Hitzemonaten Juni und August 2019 mit  nachgewiesener Anoxie zeigen. Das fördert  weiteres Algenwachstum. Im Frühjahr sind möglicherweise Nitrat und Phosphor über die Zuflüsse bedeutsamer für den Nährstoffeintrag.
Am Ende beider Berichte wurde auf die Problematik des seit 1988 stillgelegten und  verrohrten Mühlenfließes eingegangen, weshalb z.B. die sommerliche Algenblüte nicht mehr mit der vom Wind unterstützen Richtung abgeführt wird, sondern in der nordöstlichen Bucht verbleibt und den Nährstoffeintrag verstärkt.  Deshalb ist die Verbesserung der Abflusssituation  ein wichtiges Anliegen und Projektvorhaben des Vereins pro Mellensee, der neue engagierte Mitglieder sucht.

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